La memoria contenida en las unidades flash USB funciona muy similar a como funciona cualquier otro disco duro externo USB . Esto significa que puede contener varias particiones y tipos de particiones y no se limita al formato FAT32 típica , con la que la memoria flash USB por lo general viene formateado de fábrica. Al volver a formatear la memoria flash USB, diferentes particiones con diferentes sistemas de archivos se pueden colocar en la unidad. La memoria flash USB es aún configurable para arrancar la computadora. FAT /FAT32

Esto es , con mucho, el formato más común , y casi toda la nueva memoria flash USB vienen formateados con este tipo de partición por defecto. El tipo de partición FAT32 soporta particiones de más de 4 GB de tamaño y es el más compatible entre varios sistemas operativos .
NTFS

un dispositivo de memoria flash USB se puede formatear con un NTFS partición del tipo de tabla para trabajar con Microsoft Windows. Formatear un dispositivo de memoria USB con NTFS para crear copias de arranque de Microsoft Windows que se pueden instalar en la memoria USB. Esto es útil para su instalación en netbooks .
HFS +

El sistema jerárquico de archivos extendido es el tipo de tabla de particiones utilizado por los ordenadores Macintosh . Si un dispositivo de memoria USB es para ser utilizado exclusivamente con Mac OS X , el formato del dispositivo USB con HFS + permite funciones adicionales, tales como los permisos de archivos FAT32 que no soporta .
EXT3 /EXT4

el sistema de ficheros EXT se utiliza con el sistema operativo GNU /Linux. Al formatear un dispositivo de memoria USB con la tabla de particiones tipo EXT3 o EXT4 , un sistema de arranque de Linux se puede crear en el dispositivo USB.