Puppy Linux se puede instalar ya sea un sistema de archivos ext2 o ext3 , cada uno de los cuales tiene sus propias ventajas y desventajas. Ext3 es un sistema de archivos más reciente , pero su característica de diario implica una sobrecarga que puede reducir el rendimiento de Puppy Linux . Ext2 es un sistema de archivos más viejos, pero su falta de una revista viene con un mayor riesgo de pérdida de datos. Sistemas de archivos ampliado

El sistema de archivos ext3 , cortocircuito para el tercer sistema de archivos extendido , es el sucesor del sistema de archivos ext2 o segundo sistema de archivos . Ext3 fue utilizado una vez como sistema de archivos por defecto en la mayoría de distribuciones de Linux , pero desde entonces ha sido sustituido por sistemas de ficheros nuevos ext4 y otros . La principal diferencia entre ext2 y ext3 es la característica de diario en ext3. Los sistemas de archivos son compatibles contrario.
Diario

Un diario es un área especial en el sistema de archivos en el que el sistema registra cada operación del sistema de archivos . Si Puppy Linux se bloquea o el equipo de repente se apaga , el sistema puede comprobar la revista cuando se pone en marcha y solucionar los problemas del sistema de archivos . Esto acelera la recuperación de fallos y ayuda a prevenir la pérdida de datos , aunque todavía se puede producir la pérdida de datos . Recuperación de golpes con ext2 es más lento debido a que el sistema debe revisar todo el sistema de archivos de los problemas , sino que no tiene la ventaja de una revista como ext3 hace
Overhead
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La revista añade algo de sobrecarga , por lo que las unidades flash USB extraíble suelen formateadas con ext2 en vez de ext3. Puppy Linux está diseñado para su uso en ordenadores más lentos, viejos , resultados tan ext2 en un mayor rendimiento pero con un mayor riesgo de pérdida de datos. Ext2 es ideal si va a instalar Puppy Linux en una unidad flash extraíble en lugar de una unidad de disco duro , la falta de una revista resultados en menos escribe en los medios de almacenamiento flash , extendiendo así su vida
< br . > Compatibilidad con versiones anteriores

ext3 es compatible hacia atrás con ext2 , por lo que puede montar un sistema de archivos ext3 como sistema de archivos ext2 . Ext3 no utilizará su revista mientras se está montado como ext2 , pero esta función permite la compatibilidad con el software que puede requerir ext2 . Puede actualizar un sistema de archivos ext2 en un sistema de archivos ext3 mediante la emisión de un comando que agrega un diario para el sistema de archivos ext2 y montarlo como un sistema de archivos ext3.