El formato de archivo FASTA es un formato basado en texto utilizado para representar las secuencias de nucleótidos y péptidos con códigos de una sola letra . El formato se originó con el paquete de software FASTA , que fue desarrollado en la Universidad de Virginia. El formato FASTA se ha convertido en un estándar en el campo de la bioinformática . Es posible descargar el paquete de software FASTA y crear y comparar las secuencias en su propio ordenador Mac . Cosas que necesitará
programa ejecutable FASTA para Mac OS X
Terminal programa
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Descarga un ejecutable de FASTA construido para Mac OS X ( ver Recurso 1 ) . Profesor WR Pearson, de la Universidad de Virginia mantiene un sitio con el código fuente y archivos ejecutables binarios para un número de plataformas . En febrero de 2012, la última versión binaria de FASTA para Mac OS X es fasta - 35.4.11.macosxuniv.tar.gz .
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Abra una ventana del Finder y navegar usando la barra lateral izquierda de su descargar carpeta. Haga doble clic en el archivo binario ejecutable FASTA que ha descargado. Esto descomprimir y desarchivar el paquete para crear una subcarpeta denominada " fasta - 35.4.11 " en la carpeta de descarga.
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Abra una ventana de terminal y vaya a la carpeta de Descargas desde la línea de comandos. El comando en Terminal será " cd Descargas " si utiliza los valores predeterminados del sistema . En la carpeta Descargas , escriba " cd - fasta 35.4.11 " para entrar en la carpeta FASTA .
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Escriba el comando " bin/fasta35 - q seq/mgstm1.aa ss /prot_test . lseg " en la ventana de Terminal . Esto ejecutará una secuencia de consulta de prueba contra una biblioteca de prueba . Si este comando se ejecuta correctamente, verá un resumen de los tiempos de ciclo y los residuos de la secuencia .
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Hacer un archivo FASTA utilizando cualquier editor de texto, como la aplicación TextEdit o el comando vi desde el Terminal . Un archivo FASTA es un archivo de texto simple. La primera línea del archivo debe contener un carácter ">" seguido de un identificador de secuencia . Su archivo FASTA debe contener una secuencia de ADN en las líneas restantes.
